美國PE色譜柱的正確使用包含：加裝保護柱，過濾流動相和樣品，凈化樣品，避免過高的柱壓等。
美國PE色譜柱加裝保護柱的作用是過濾掉來自流動相和樣品的化學“拉圾”同時也可以有效除去流動相和樣品中的不溶物。盡管現在的色譜儀在流動相吸入口、進樣閥后部以及在色譜柱的兩端都裝有不同孔徑的濾器，但濾器只能除去不溶性顆粒而不能除去化學污然，因此，加裝保護柱是必要的，特別是在分析中藥、中成藥等復雜混合物和生物樣品時更是保護分析柱*的措施。保護柱填料應與分析柱一致，粒徑可較分析柱大。保護柱屬消耗品，經過一定次數的樣品分析后，出現柱壓顯著升高或峰形變壞或基線漂移時，應考慮更換保護柱。
過濾流動相和樣品：流動相通常由水或緩沖溶液與有機溶劑混合而成，原則上，所有經過色譜柱的流動相均應過濾，但在實際操作上應視具體情況而有所區別:當有機溶劑用色譜純級，水用石英亞沸水或其它超純水時，在能確保水和有機溶劑的質量且沒有受到污染時，過濾并無更多實際意義。當流動相中含有緩沖鹽時，則過濾是必要的，如前所述，當緩沖溶液放置一段時間后，在使用前還應重新過濾。裝流動相的容器和色譜系統中的在線濾器要定期清洗和更換，以避免濾器因過載而起不到過濾作用。
凈化樣品：當樣品中含有對色譜柱有損害的化學成分，如產生長久性吸附的蛋白質、糖等有機分子和強吸附性物質，以及可能對柱填料產生破壞作用的基團離子。在進樣前應盡可能對樣品進行分離提純以除去多余雜質組分。
避免過高的柱壓：雖然美國PE色譜柱能耐受的壓力可達高，但過高及過大的壓力變化均會縮短色譜柱的壽命，避免的方法是柱壓過高時，盡可能采用較小的流速，以不超過柱最大允許壓力的一半為宜。當流速較大時，應采取流速梯度的辦法使流速分步到位。使用手動進樣閥時，進樣閥的切換要盡可能的快。否則超過20%的壓力沖擊會很快使柱報廢。當使用多柱聯用時，柱切換要避免在高壓下進行。
